Tiene diferentes objetivos para direccionar su infraestructura y su talento humano hacia la aplicación de la ciencia, la tecnología y la innovación para el desarrollo agropecuario de Colombia. Estos son:
-Consolidar la investigación.
-Promover la calidad académica.
-Afianzar el modelo de responsabilidad e intervención social.
-Fortalecer su presencia y la articulación con el contexto.
-Propender por la eficiencia y por la sostenibilidad financiera.